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助力新冠病毒株系快速精准分型 ,WilliamHill官方网站研发长片断三代靶向测序流程
宣布:2023/01/10
现在 ,新冠病毒仍在全球肆虐 ,奥密克戎(Omicron)及其变异毒株所体现出的更快的撒播速率和更强的免疫逃逸能力 ,可能成为以后抗击疫情的新挑战。我国现阶段盛行的毒株以奥密克戎变异株BA.5.2和BF.7为主 ,近期也有检出BQ.1和XBB.1.5的报道。



为了更有用地助力疫情防控 ,WilliamHill官方网站依托三代纳米孔(Nanopore)测序手艺平台 ,快速开发了两步法长片断新冠病毒全基因组靶向测序流程 ,通过优化引物和扩增条件 ,使得最终的扩增产品笼罩病毒的整个基因组 ,扩增子的平均长度可达8000bp ,充分验展Nanopore平台关于长片断测序的优势 ,可快速高效地获取新冠病毒全基因组序列信息。





新冠病毒全基因组靶向测序全流程

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WilliamHill官方网站两步法长片断新冠病毒全基因组靶向测序 ,使用叠瓦式原理设计针对病毒基因组序列的PCR扩增引物 ,使用随机引物和oligo(dT)对病毒正链RNA举行逆转录 ,随后使用多重引物对目的序枚举行靶向富集 ,团结三代纳米孔测序手艺举行实时测序剖析。获得的序列信息通过三代测序组装工具canu团结自主研发的生信流程举行组装、比对和剖析 ,最大可能还原完整基因组序列 ,最后使用Pangolin软件实现新冠病毒快速分型。



产品优势


1.操作简朴 ,无需病毒疏散 ,逆转录后一次性扩增即可获得新冠病毒基因组序列;


2.适配三代测序平台 ,实时快速 ,区分率高;


3.数据量要求低 ,仅需1%的宏基因组测序数据量。





新冠病毒全基因组靶向测序检测效果示例

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星号代表检测样本所处的位置 ,该样本中新冠病毒序列和BF.7.3较为靠近 ,效果仅供参考。





新冠病毒全基因组测序的意义


我国新冠疫情防控战略优化之后 ,中国疾控中心病毒病所凭证多个新冠病毒亚型在我国共循环的现真相形 ,制订了《我国人群新冠病毒变异株监测事情计划》。通过本计划的实验 ,可以实时动态监测新冠病毒奥密克戎系列变异株在中国盛行的动态及其各个亚型的组成比例 ,具有潜在生物学特征改变的新变异株 ,包括临床体现、撒播力、致病力等 ,为疫苗研制、诊断试剂评价(包括核酸和抗原等)提供科学依据。


WilliamHill官方网站此次开发的长片断三代靶向测序流程关于以后新冠病毒的毒株型别和泉源的区分 ,毒株基因变异位点的剖析 ,疫情溯源和精准防控具有主要的意义。



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